Χορηγοί του Θερινού Σχολείου Νάξου είναι ο Δήμος Νάξου και Μικρών Κυκλάδων και το Νομικό Πρόσωπο Πολιτισμού-Αθλητισμού-Περιβάλλοντος-Παιδείας-Πρόνοιας και Αλληλεγγύης (ΝΟ.Π.Π.Α.Π.Π.Π.Α) και η Γενική Γραμματεία Νησιωτικής Πολιτικής  (Υπουργείο Αιγαίου).